uzupelnione pyt z inz[1], Semestr IV, Inżynieria genetyczna

1. Synteza dsDNA pełnej długości odbywa sie przy pomocy
A) odwrotnej transkryptazy, DNAzy I, fragmentu Klenowa, ligaza (0)
B) odwrotnej transkryptazy, RNAzy H, fragmentu Klenowa, ligaza (1)
C)odwrotnej transkryptazy, nukleazy S, fragmentu Klenowa, ligaza (0)
D) odwrotnej transkryptazy, hydrolizy alkalicznej, fragmentu Klenowa (0)

2. Adaptory
a) mogą być jednoniciowe 1
b) mogą być dwuniciowe 1
c) mogą wykazywać się niekomplementarnością 1
d) mogą łączyć lepki koniec 5' z lepkim 3' (albo lepki3' z lepkim5') 1

3. Fragment Klenowa polimerazy I E coli
A) wykorzystywany w znakowaniu random priming (1)
B)ma akt egzonukleazy 5'-3' (0)
C)wykorzystywany do znakowania schowanych 3' (1)
D)w sekwencjonowaniu DNA (1)

4. His Tag w białku rekombinantowym:
A) zwykle nie wpływa znacząco na jego strukturę i funkcje i właściwości (1)
B) pozwala na jego oczyszczanie na złożu z tlenkiem fenylo arsenu (0)
C) stanowi sekwencję docelową dla enterokinazy (0)
D) umożliwia detekcję metodą western blot (1)

5. Nick-translation:

6. BAC'i
A) mogą występować w systemie binarnym 1
B) pomieszczą insert do 1000 kb 0
C) w komórce występuję w formie liniowej 0
D) wprowadza się je do komórki metodą elekrtotransfuzji ?

7. Konsekwencją integracji wektora pMutin jest:
A) insercyjna inaktywacja genu docelowego 1
B) podpięcie genu reporterowego lacZ pod promotor znajdujący się powyżej miejsca integracji 1
C) podpięcie sekwencji znajdujących się poniżej miejsca integracji pod promotor wektora 1
D) otrzymanie szczepu mutanta, który można wykorzystać do badania funkcji genu 1

8. YEp:

A) zawierają drożdżowy marker selekcyjny

B) zawierają bakteryjny marker selekcyjny

C) mogą się namnażać w komórkach drożdżowych

D) mogą się namnażać w komórkach bakteryjnych

9. T DNA plazmidu Ti Agrobacterium:
A) zawiera odcinek flankujacy prawa (rb) i lewa (lb)sekwencje 1
B) zawiera geny związane z formowaniem tumorów i katabolizowaniem opin 0
C) zawiera geny wirulencji 0
D) jest przenoszone do jądra [1]

10. Wektor binarny

A) może sie replikować w coli i u Agrobacterium (1)
B) nie ma sekwencje homologiczna do Ti (1)
C) T DNA jest oflankowane sekwencjami granicznymi  (1)

D) być może że chodziło o coś z regionem wirulencji albo z genami wirulencji ale nie wiem czy to nie było w innym pyt

jeszcze cos tam było o plazmidzie pomocniczym - czy jest potrzebny temu wektorowi, a jeśli chodzi o sekwencje flankujące  transgen to nie wiem czy nie chodziło o geny wirulencji czy cos, tez nie pamiętam :/

11. Somatyczny transfer jadrowy:
A) pozwala na selekcje  in vitro na etapie zarodków 0
B) wykorzystuje enukleowane oocyty 1
C) etapem jest mikroiniekcja do przedjadrzy męskich 0
D) nie ma konieczności implantacji zarodków to organizmu biorczyni 0

12. Rekombinacja z udziałem sekwencji loxP:
A) katalizowana jest przez drożdżowa rekombinaze FLP (0)
B) w ukladzie cis loxP ze zgodna orientacją następuje inwersja sekwencji zawartej miedzy nimi (0)
C) w ukladzie cis lox P z niezgodną orientacja następuje delecja sekwencji (0)
D) ma charakter uprawniony (0)

13. Do Vectorette PCR:
A) Używamy starterów sekwencji znanej i adaptora
B) Startera sekw. znanej i nieznanej
C) Startera sekwencji znanej i sekw. homologicznej
D) Startera sekw. znanej i zdegenerowanego

startery w vectorette to specyficzny i adaptorowy

14. RACE PCR:
A) tzn technika szybkiej amplifikacji końców chromosomów 0
B) położenie konkretnych genów 0
C) matryca to cDNA 1
D) końce 2', 5' 0

15. pytanie dotyczyło klonowania TA

16. Hybrydyzacja różnicowa:
A) służy do klonowania genów o różnej lokalizacji 0
B) służy do klonowania genów o różnym fenotypie 1
C) służy do wykrywania specyficznych transkryptów dla danej linii komórek 1
D) żadna z powyższych odpowiedzi nie jest prawidłowa 0

17. Metoda cDNA AFLP :
A) ma mniejsza czułość niż hybrydyzacja plus/minus różnicowa 0
B) stosujemy do syntezy ds DNA
C) startery dobudowują sie z sekwencja 3' ( ale tego nie jestem pewna na pewno cos ze starterami i 3" ) 0
D) wykorzystujemy dwustopniowa amplifikację 1

18. Mikromacierze:
A) syntetyzowane są przy udziale fotolitografii
B) hybrydyzacja kwasów nukleinowych na podłoży stałym
C) coś z ilością (chyba do kilkuset próbek)
D) do badania fragmentów o nieznanej tożsamości

19. Do pozycyjnego klonowania genu metodą spaceru po chromosomie wykorzystuje się:
A) informacje w markerach molekularnych
B)biblioteki genomowe w wektorach BAC lub YAC
C) sondy.....

20. Biblioteki linking (sprzęgające):

A) ?pozwalają na klonowanie? krótki odcinków w pobliżu miejsca restrykcyjnego
B) tworzy sie w sposób... (taki jak sie naprawdę tworzy)
C)
D)Pozwalają uniknąć problemów spowodowanych przez sekwencje nieklonowane i powtarzalne

21. Odnosiło sie do drożdżowych systemów dwuhybrydowych

A)czy na podstawie tej techniki możemy mieć inf o sekwencji (w każdym razie o DNA) (chyba, pewności nie mam)
B)było pytanie czy DBD wiąże się z przynętą (1)
C)czy AD wiąże się z zdobyczą (1)
D)czy między przynętą a zdobyczą wiązanie jest kowalencyjne (0)

22. Touchdown PCR:
A) temperatura idzie do góry
B) używamy startera arbitralnego
C) polimerazę dodajemy pod warstwą wosku
D) nie pamiętam

23. W metodzie real time PCR współczynnik CT to:
A) współczynnik CT określa cykl (nr cyklu) w którym wartość fluorescencji przekracza wartość progowa
B) wartość ta daje informacje o tym ile kopii docelowej sekwencji dostarczono z matrycą do reakcji

24. Pirosekwencjonowanie

D) należy usunąć nadmiar nukleotydów i ATP

25. W toku testu opóźnienia w żelu (band shift assay):
A) pytanie o białko oddziałujące z DNA chodziło że białko zabezpiecza przed trawieniem (1)
B) pytanie o dodatek badanego fragmentu w postaci nie wyznakowanej dodanie DNA niewyznakowanego ma konkurować z DNA wyzankowanym o wiązanie z białkiem i powoduję że sygnał jest słabszy (?1?)
C) pytanie o tożsamość oddziałującego z DNA białka
D) superopóźnienie migrującego kompleksu osiągamy poprzez dodatek współpracującego z sondą nukleotydu.

a ologonukleotyd o który chodzi w D ma za zadanie pokazać z która sekwencją DNA oddziałuje
białko - konkuruje z DNA o białko ale raczej nie powoduje superopóźniania chyba nawet przyspiesza migrację albo wygasza sygnał - więc (0)

26. RNAse protection assay:

czy bardziej czuła od northern

27. W metodzie FAR WESTERN:
A) sondą jest zawsze przeciwciało dla danego białka (0)
B)białka mogą być przygotowywane podobnie jak w metodzie western blot (?)
C)sondy białkowe mogą być wykorzystywane w sekwencjonowaniu..... (0)
D)możemy poznać tożsamość badanego białka (1)

28. Forward genetics [odwrotna genetyka]

A) Punktem wyjścia dla... charakterystyki docelowego genu jest fenotyp molekularny

B)Punktem wyjścia jest... gen, który poddaje się mutacji w celu poznania jego funkcji

C)Mozna wykorzystać... funkcjonalne fenokopie zmutowanych...

D)

29.Proteomika

30. Przy konstrukcji bibliotek genomowych:
A)stosujemy elektroforezę pulsową
B)duża pojemność wektora zmniejsza szanse na znalezienie docelowej sekwencji

C)bazuje na ligacji

D)stosuje się fragmenty restrykcyjne genomowego DNA

Nie posiadajac ligazy nie mozemy przeprwadzic eksperymentu:

A. RT-PCR

B.TAIL-PCR

C.RACE-PCR

D.DD-PCR

biotech 22:40:38

22. Zbiory jakiejś instytucji z Mitchigan

wykorzystujemy do ich przeglądania PCR

wynaleziono je dzięki klonowaniu w Agrobacterium (?)

mają koniec 5' (?) zaopatrzony w sekwencje poli T (?)

biotech 22:40:48

13 . Inverse PCR

a) uzywamy starterów o krótkich sekw. znanych i nieznanych

b) uzywamy starterów o sekwencji znanej i adaptora

c) sekwencji znanej i zdegenerowanej (zdegradowanej) nie pamietam

d) sekwencji znanej i jakiejs na amfilo czy cos nie pamietam

biotech 22:41:02

24 pirosekwencjonowanie

a) coś o luminescencji

b) czy nukleotydy są dodawane do reakcji po kolei

c) coś o fluorescencji

d) czy usuwamy nadmiar ATD i dNTP-ów

biotech 22:41:14

27) Amplifikacja RNA:

a) RT-PCR

b) real-time RT-PCR

c) TAIL- PCR i dalej nie pamietam

30) Czego nie możemy wykonać bez ligazy.

biotech 22:41:38

16.Hybrydyzacja plus-minus:

c)wykorzystywana do klonowania genów represorowych przez transkrypcje dla badanej populacji komórek

biotech 22:41:39

Pytanie 21

Drożdżowy system dwuhybrydowy

1)aktywuje geny receptorowe

2)wykorzystanie białka zawierającego domenę AD (chyba domenę transaktywującą) i i wiążacego się z przynęta

3)wykorzystanie białka zawierającego domenę DB (wiążącą DNA) i będącego przynętą

4)klasyfikacja genu kodującego białko zawierające domenę oddziałującą z innymi białkami

biotech 22:41:50

25. W toku testu opóźnienia w żelu (band shift assay):

A) pytanie o białko oddziałujące z DNA chodziło że białko zabezpiecza przed trawieniem przez DNazę I

B) pytanie o dodatek badanego fragmentu w postaci nie wyznakowanej dodanie DNA niewyznakowanego ma konkurować z DNA wyzankowanym o wiązanie z białkiem i powoduję że sygnał jest słabszy

C) pytanie o tożsamość oddziałującego z DNA białka

D) superopóźnienie migrującego kompleksu osiągamy poprzez dodatek współpracującego z sondą oligonukleotyów.

biotech 22:42:00

22. kolekcje mutantów insercyjnych Arabidopsis z Uniwersytetu jakiegośtam

a) otzrymano przy użyciu Agrobacter jako wektora

b) z użyciem TDNA jako czynnika mutagennego

c) można przeglądać za pomocą PCR

d) niestety nie zdążyłam;(

biotech 22:42:14

Polimeraza Taq,jej aktywnosc 5' - 3':

A)nie wystepuje

B)wykorzystywana do TaqMan

C)sprawia ze jest dokładna

D)produkty mają tępe końce.